2003年，獲香港特區(qū)政府頒發(fā)銀紫荊星章;同年，周潤(rùn)發(fā)奮斗經(jīng)歷入香港中學(xué)教材;參演影片《防彈武僧》上映。

2004年，香港大學(xué)民意調(diào)查“2004香港娛樂(lè)圈大民調(diào)”港人最受歡迎演員之首。

2005年，受金牌制片人杰瑞·布魯克海默的盛情邀請(qǐng)，周潤(rùn)發(fā)參與拍攝了迪斯尼公司的魔幻巨制《加勒比海盜：世界盡頭》，飾演新加坡海盜王邵峰，與約翰尼德普、奧蘭多布魯姆等國(guó)際巨星對(duì)戲。同年，在香港影視娛樂(lè)博覽會(huì)上，周潤(rùn)發(fā)因Mark哥(小馬哥)一角榮獲“最難忘電影角色獎(jiǎng)”，由網(wǎng)民選出，可見其對(duì)香港社會(huì)的影響。

2006年，周潤(rùn)發(fā)正式回歸華語(yǔ)影壇。將參與吳宇森執(zhí)導(dǎo)的古裝巨制《赤壁》;開辟中國(guó)內(nèi)地電影新時(shí)代的張藝謀，向他拋出了橄欖枝。

2007年，由于合約、劇本等原因，周潤(rùn)發(fā)正式宣布辭演電影《赤壁》。倍受期待的周吳二人的再次合作，最終未能實(shí)現(xiàn);但吳宇森時(shí)隔四年，在上海接受采訪時(shí)談及此事，表示那是經(jīng)紀(jì)人公司主導(dǎo)下的結(jié)果，無(wú)傷個(gè)人感情。同年，周潤(rùn)發(fā)接受了美國(guó)亞洲卓越獎(jiǎng)?lì)C獎(jiǎng)禮頒發(fā)給他的終身成就獎(jiǎng);并友情客串了好萊塢電影《黃石的孩子》和《諜海風(fēng)云》。

2008年，周潤(rùn)發(fā)還以男二號(hào)的身份，參與拍攝了由華人導(dǎo)演黃毅瑜執(zhí)導(dǎo)的好萊塢電影《七龍珠：進(jìn)化》。

2009年，他更是在內(nèi)地導(dǎo)演胡玫的電影《孔子》中，出演了中國(guó)歷史上最偉大的思想家孔子。使他成為在大銀幕上，成功詮釋這位中國(guó)古代圣賢的第一人。該片于2010年在內(nèi)地上映，取得過(guò)億票房的好成績(jī)，也令他本人獲得華表獎(jiǎng)殊榮;并在日本福岡電影節(jié)上一亮相，就收獲諸多好評(píng);而在韓國(guó)，也成為為數(shù)不多的能夠取得高票房的華語(yǔ)電影之一。同年，在姜文的盛情邀約下，周潤(rùn)發(fā)與他和葛優(yōu)齊聚電影《讓子彈飛》。周飾演的南國(guó)一霸黃四郎一句“霸氣外露”，讓無(wú)數(shù)觀眾記憶猶新。本片不僅成為當(dāng)年的內(nèi)地票房冠軍之作，更以超過(guò)6.6億的票房成績(jī)刷新內(nèi)地記錄。

2012年6月，周潤(rùn)發(fā)成為第十五屆上海國(guó)際電影節(jié)的壓軸出場(chǎng)嘉賓，并從成龍的手中接過(guò)了華語(yǔ)電影杰出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)獎(jiǎng)杯。同年國(guó)慶檔上映電影《銅雀臺(tái)》。